一、微生物基因編輯的定義與基本原理

微生物基因編輯指通過人工手段對細(xì)菌、酵母等微生物的基因組進(jìn)行精確修改的技術(shù)，其核心原理是利用分子工具靶向定位目標(biāo)DNA位點(diǎn)，誘導(dǎo)DNA雙鏈斷裂（DSB），并利用細(xì)胞自身的修復(fù)機(jī)制實(shí)現(xiàn)基因插入、刪除或替換。該過程分為三個關(guān)鍵步驟：

1. 靶向定位：使用向?qū)NA（sgRNA）或特定蛋白（如鋅指蛋白）識別目標(biāo)DNA序列。CRISPR-Cas9系統(tǒng)通過sgRNA與目標(biāo)DNA的互補(bǔ)配對實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)定位，且需鄰近PAM序列（如Cas9依賴5'-NGG-3'）。

2. DNA切割：核酸酶（如Cas9）在靶點(diǎn)切割DNA形成雙鏈斷裂。CRISPR-Cas9系統(tǒng)中，Cas9的HNH和RuvC結(jié)構(gòu)域分別切割互補(bǔ)鏈與非互補(bǔ)鏈。

3. 細(xì)胞修復(fù)：

• 非同源末端連接（NHEJ） ：易出錯，導(dǎo)致隨機(jī)插入/缺失，適用于基因敲除。

• 同源定向修復(fù)（HDR） ：需供體DNA模板，實(shí)現(xiàn)精確插入或替換。
  

   

二、常用技術(shù)方法及迭代演進(jìn)

1. CRISPR-Cas9系統(tǒng)（主流工具）：

• 優(yōu)勢：操作簡便、成本低、效率高，可多重編輯。

• 流程：設(shè)計(jì)sgRNA→與Cas9蛋白組裝→導(dǎo)入微生物細(xì)胞→切割靶DNA→修復(fù)機(jī)制啟動。

• 變體改進(jìn)：

• 高保真Cas9：減少脫靶效應(yīng)（如SaCas9識別罕見PAM序列NNGRRT）。

• 堿基編輯器（BE） ：融合脫氨酶與nCas9，實(shí)現(xiàn)C→T或A→G單堿基替換，無需DSB。

• 先導(dǎo)編輯（Prime Editing） ：nCas9-逆轉(zhuǎn)錄酶融合體，通過pegRNA模板直接寫入新序列，精度更高。

2. 早期編輯工具：

• 鋅指核酸酶（ZFNs） ：鋅指蛋白識別DNA，F(xiàn)okI核酸酶切割。設(shè)計(jì)復(fù)雜且成本高。

• TALENs：轉(zhuǎn)錄激活因子識別DNA，F(xiàn)okI切割。靈活性優(yōu)于ZFNs，但仍需蛋白工程。

3. 新興技術(shù)：

• Retron與CRISPR聯(lián)用：利用逆轉(zhuǎn)錄子產(chǎn)生ssDNA模板，結(jié)合CRISPR實(shí)現(xiàn)多位點(diǎn)同步編輯。

• CRISPR-FrCas9堿基編輯器：寬PAM兼容性（如5'-NRN-3'）、無堿基偏好性，適用于非模式微生物。

三、應(yīng)用場景與典型案例

1. 工業(yè)生物技術(shù)

• 生物制造：

• 大腸桿菌敲除競爭途徑基因，提高生物燃料產(chǎn)量。

• hei曲霉（Aspergillus niger）刪除pyrG、gluF等基因，提升有機(jī)酸和蛋白產(chǎn)量。
  

   

• 米曲霉（Aspergillus oryzae）編輯ecdR基因，產(chǎn)物增產(chǎn)10-20%。

• 環(huán)保領(lǐng)域：設(shè)計(jì)合成微生物群落降解重金屬，如利用CRISPR編輯擬桿菌BT2086基因。

2. 農(nóng)業(yè)革新

• 固氮微生物工程：編輯微生物基因使其持續(xù)固氮（如Pivot Bio的PROVEN® 40產(chǎn)品），田間試驗(yàn)可替代40磅/英畝合成氮肥，減少污染。

• 作物保護(hù)：根霉（Rhizopus arrhizus）通過RNA干擾技術(shù)降低毒素生成，減少宿主損傷。

3. 醫(yī)學(xué)與健康

• 藥物生產(chǎn)：絲狀真菌（如Mucor circinelloides）突變crgA基因，增加類胡蘿卜素產(chǎn)量用于藥物合成。

• 抗感染研究：改造微生物增強(qiáng)唑類藥物敏感性，對抗真菌感染。